葡萄牙在美洲的殖民地從未有過自己的旗幟，因為傳統上葡萄牙鼓勵所有葡萄牙君主統領的地區升起葡萄牙國旗。
最早用於代表巴西的旗幟是駛往巴西的葡萄牙船隻所用的航海旗。一面綠白兩色條紋的旗幟，一直用到1692年。[2]其中綠色代表王室，白色是葡萄牙的國家色彩。1692年以後該旗幟不再用於去巴西的船隻，而是作為葡萄牙進岸的商船隊的航海旗使用。去往巴西的船隻則有了一面新的旗幟，是在白色底面上繪有金色渾天儀。渾天儀也是曼努埃爾一世國王的個人標識。在他治下葡萄牙的船隻通行全世界，並且渾天儀成了葡萄牙的國家象徵，尤其是葡萄牙帝國時代。去往印度的船隻則用紅色渾天儀的航海旗。最終有渾天儀被更多的用於當時最大的殖民地巴西，不僅在旗幟上，而且在當地發行的貨幣上。渾天儀旗幟最終成為巴西非官方的旗幟。
1815年，巴西被升格為王國，與葡萄牙、阿爾加維一起組成葡萄牙－巴西－阿爾加維聯合王國。1816年憲章頒布了新的國徽，規定以藍底金色渾天儀代表巴西。[3]當時的巴西使用的是葡萄牙、巴西與阿爾加維聯合王國國旗。
尚-巴蒂斯特·德布雷為葡萄牙、巴西與阿爾加維聯合王國太子佩德羅設計了一面旗幟。巴西宣告獨立、佩德羅稱帝以後，在佩德羅的御旗上增加黃色菱形，就形成了巴西的的國旗。新的國旗在綠色底面上有一個黃色菱形，再將國徽置於中間。其中綠色代表了佩德羅皇帝的布拉干薩王朝，而黃色則代表了瑪麗亞·利奧波迪娜皇后所属的哈布斯堡王朝。佩德羅二世在位期間，隨著巴拉那省的設立，國旗上增加了一顆星。
共和國成立之後，魯伊·巴爾博薩（英语：Ruy Barbosa）律師提出了一面新的國旗，效仿美國國旗，使用於1889年11月15日至19日。有13道綠黃相間的橫條紋，左上角有藍色方塊，內有21顆星。之後臨時總統德奧多羅·達·豐塞卡元帥反對這個提議，並指出這個設計看起來與美國國旗過於相似。[4]
豐塞卡要求重新設計國旗，希望反映原有國旗的設計，體現國家從帝制走向共和的這一轉變。萊蒙度·特些拉·門德斯主持了這一專案。他將帝國國徽換成了一個藍色天球儀，中間有口號。這一設計得到了豐塞卡的批准，並予以展示。新的國旗由萊蒙度·特西埃拉·門德斯、米格爾·萊蒙斯、米格爾·佩雷拉·雷斯與德西奧·維拉雷斯組成的小組設計完成。[5]1889年11月19日被正式採納。[6]
之後隨著新的州份的建立，星星數量也變多。1960年為22顆星，1968年為23顆星，1992年為24顆。
飘扬的巴西国旗